阴茎尺寸主要由先天因素决定。青春期前，雄激素（如睾酮）水平直接影响阴茎海绵体的发育，遗传基因则调控激素分泌和生殖器形态。若青春期雄激素分泌不足（如卡尔曼综合征、隐睾症等），可能导致发育滞后，但这类情况常伴随其他第二性征异常（如胡须稀少、声音尖细）。成年后阴茎基本停止生长，外伤或疾病（如佩罗尼病）可能造成萎缩，但健康男性成年后尺寸变化极小。

若发现孩子阴茎明显小于同龄人，需排除肥胖（脂肪掩盖部分阴茎）、隐匿性阴茎（阴茎体埋藏于皮下）或内分泌疾病。家长切勿自行判断，应带孩子到儿童内分泌科检查激素水平和睾丸发育情况。成年后若突然出现尺寸缩小，需排查糖尿病、高血压等慢性病对血管神经的损害。